Mikrokontrolleritega saab juhtida täitureid, lugeda andurite väärtusi ja teha mitmeid muid toiminguid, kuid alati jääb vajadus ühendada seadmeid, millega ei saa suhelda lihtsaid digitaalseid signaale edastades. Põhjuseks võib olla näiteks seadme juhtimiseks vajaminevate juhtsignaalide liiga suur arv või suur andmehulk. Seepärast on nii mikrokontrolleritele kui muule elektroonikale välja arendatud terve hulk erinevaid andmesideliideste standardeid. Standardid määravad ära signaalide elektrilised parameetrid ja nende signaalide edastamise reeglid ehk protokolli.
Üks lihtne näide protokollist on morse kood, kus infot edastatakse piiksude ja pausidega ning nende pikkustega. Sarnaselt toimivad ka digitaalsed andmesideprotokollid, kus infot edastatakse bitiväärtustega ja olenevalt liidesest vahel ka moduleeritud kujul. Erinevaid andmesideliideseid koos nende protokollidega on loodud küll vastavalt vajadusele, kuid edastamist vajavad andmehulgad on alati kasvanud ja pidevalt lisandub uusi meetodeid. Rahulikum on olukord elektroonikakomponentide vahelise andmesidega, kus juba pikka aega kasutatakse I²C, SPI ja UART liideseid. Traditsioonilisemad süsteemidevahelised sideliidesed on RS-232, RS-485, LIN ja CAN, kuid palju mikrokontrollereid toodetakse ka USB, Ethernet ja juhtmevaba Bluetooth ning ZigBee liidestega.